Разнообразие модульных решений проявляется в их конструктивных и функциональных особенностях. Встречаются компактные изолированные боксы и ламинарные укрытия, предназначенные для локальной защиты рабочей зоны, например, при работе с чувствительными образцами в лабораториях или фармацевтическом производстве. Существуют и мобильные чистые комнаты — полностью автономные модули, которые можно перемещать и использовать для временных задач, выездных исследований или пилотных производств. Некоторые модульные комнаты оснащаются полной инженерной обвязкой: в них предусмотрены собственные системы вентиляции, фильтрации, освещения, а также средства контроля параметров и диспетчеризации, благодаря чему они способны функционировать как самостоятельные помещения либо интегрироваться в уже существующую инфраструктуру. Отдельно выделяют шлюзовые и передаточные модули — они решают узконаправленную задачу безопасного перемещения материалов и персонала между зонами с разной степенью чистоты. Кроме того, распространены линейные модульные системы, позволяющие поэтапно наращивать площадь и расширять функционал за счёт последовательного добавления новых модулей, что особенно удобно при расширении производства или поэтапном вводе мощностей. Конструктивно такие решения могут быть выполнены на каркасной основе либо в виде бескаркасных панельных систем, а по степени автономности делятся на подключаемые к центральным инженерным сетям и полностью автономные, со встроенными кондиционерами, фильтрами и источниками питания.