По способу охлаждения центрифуги можно разделить на аппараты с естественным охлаждением и принудительным. При естественном охлаждении забор наружного воздуха осуществляется через специальные отверстия в корпусе. После охлаждения ротора воздух выбрасывается наружу. Пассивное охлаждение удобно тем, что не требует дополнительных затрат на процесс охлаждения, но оно и не может снизить температуру образца ниже окружающей среды. Для таких случаев применяются центрифуги с рефрижераторным модулем.

При принудительном охлаждении в камере сразу задается нужная температура, потому что рефрижераторный модуль работает постоянно. Это позволяет снижать скачкообразного скачка тока при запуске. В некоторых моделях газовая система охладителя имеет обводной контур с электромагнитным клапаном, который управляется контроллером. За счет этого упрощается поддержание заданной температуры. Центрифуги с охлаждением работают в диапазоне от 0 °C до 40 °C.